Para la temporada 2012/13, el Burgos Club de Fútbol decidió no inscribir al equipo para que hubiera competido una temporada más en la Segunda División B. Problemas deportivos por la ausencia de varios jugadores importantes que ya habían comunicado que no iban a continuar y sobre todo problemas económicos ante la bajada de subvención por parte del patrocinador y del ayuntamiento, hicieron que la sección desapareciese.