Su carrera en la selección nacional se vio coronada con la participación en la Copa Mundial de Fútbol de 1998, donde anotó cuatro goles, y en la fase clasificatoria previa, donde convirtió once anotaciones formando la dupla conocida como «Sa-Za» con Iván Zamorano. Otro de los ilustres entrenadores del equipo fue Javier Irureta, quien ganó el único campeonato de liga de la historia blanquiazul, la Copa del Rey recordada como «el centenariazo» (frente al Real Madrid Club de Fútbol, en su estadio, el día que cumplía cien años) y con el que consiguió cinco participaciones consecutivas en la Liga de Campeones.