Tuvo su partido de despedida con la camiseta en 1998. Fue elegido en dos ocasiones Futbolista argentino del año, y Mejor futbolista de América también en dos ocasiones. Otro destacado de los años 90 fue Leonardo Astrada (1989-99 y 2000-03, mediocampista), quien tiene el récord de ser el jugador argentino con más títulos en la historia del fútbol argentino con 10 campeonatos conseguidos. Durante esta época se anuncia la reanudación de las obras del Nou Mestalla y el nuevo proyecto sobre el mismo, con idea de reanudar las obras a finales de 2022. En semifinales de la Copa del Rey el Valencia C.F.